EKO HADI SAPUTRA, merupakan kepala sekolah kelima yang memimpin di SMP Negeri 3 Subah sejak tahun 2019. Beliau mulai menjabat sebagai Pelaksana Tugas Kepala Sekolah SMP negeri 3 Subah pada tahun 2019 dan Definitif pada tanggal 7 Januari 2020. Empat kepala sekolah sebelumnya adalah Bapak Mutadin, S. Pd (2004 s.d. 2010), Bapak Syahrial, S. Pd (2010 s.d. 2012), Bambang Triyono, S. Pd. Ekop (2012 s.d. 2016), dan I. N. Wahyudi, S. Pd (2016 s.d. 2019)